Mutapumpun toimintaperiaate perustuu työkammion tilavuuden jaksoittaiseen muutokseen, joka muuttaa suoraan voimanlähteen mekaanisen energian kuljetettavan nesteen paineenergiaksi. Pumpun virtausnopeuteen vaikuttaa pääasiassa työkammion tilavuuden muutosarvo ja sen taajuus, eikä sillä ole suoraa korrelaatiota poistopaineen kanssa. Mutapumppu toteuttaa työkammion tilavuuden säännöllisen muutoksen sylinterin työkammiossa olevan männän edestakaisen liikkeen kautta. Sen rakenne on eristetty ulkomaailmasta tiivistelaitteella, ja se on yhteydessä tai sulkeutuu putkilinjan kanssa pumppuventtiilin kautta.
